Padre Pio da Pietrelcina arriva a Foggia il 17 febbraio 1916 accompagnato da padre Agostino da San Marco in Lamis. Sta vivendo un momento delicatissimo della sua vita. Ormai, da circa sette anni vive fuori dal convento, a causa di una strana malattia, nella sua terra natale: Pietrelcina.
Provvidenziale sarà in questo periodo la corrispondenza epistolare che egli intrattiene da qualche anno con un’anima pia, di famiglia nobile di Foggia: Raffaelina Cerase, terziaria francescana, la sua prima figlia spirituale, la quale, da tempo gravemente inferma, aveva espresso il desiderio di incontrare il suo direttore spirituale e poter essere confessata da lui.
Raffaelina rappresenterà così lo strumento con cui il Signore attraverso la Sua divina misericordia farà rientrare il santo cappuccino in convento, in quello di Sant’Anna a Foggia, e percorrere così la via della sua nuova e definitiva missione. Sapeva di fare un viaggio di andata e ritorno. Una visita lampo a Raffaelina. Giunto a Foggia, in convento lo attende il ministro provinciale, padre Benedetto che gli intima: “vivo o morto tu resterai qui in convento”. Il ventinovenne frate cappuccino obbedisce. Padre Benedetto gli fece capire che di ritorno non si sarebbe più parlato e gli ingiunse di stare nel convento di Sant’Anna a Foggia. Comincia per lui una nuova avventura. Sant’Anna sarà per lui il suo primo convento
Il superiore del convento di Sant’Anna è Padre Nazareno d’Arpaise che ebbe particolare cure per San Pio afflitto da una febbre di 41 e più gradi. Lo fece visitare dai medici Del Prete e Tarallo i quali riscontrarono in lui un morbo speciale, che compariva e scompariva. Udì, insieme ai confratelli delle strane detonazioni, provenienti dalla cella di Padre Pio. Padre Nazareno scrisse un quaderno di appunti dal titolo Notizie su Padre Pio da Pietrelcina da cui desumiamo aneddoti interessanti sulla permanenza di San Pio a Foggia. Una sera, Padre Pio, chiese se poteva ritirarsi nella sua cella. Venne accontentato. Gli altri confratelli rimasero a mangiare nel refettorio.
La cella di Padre Pio era situata al primo piano, proprio sopra il refettorio. I religiosi, mentre cenavano, vennero sorpresi e terrorizzati da una violenta detonazione. Scrisse padre Nazareno nei suoi Appunti: «…mandai Padre Francesco da Torremaggiore alla stanza di Padre Pio, immaginando che Piuccio, avendo bisogno di qualche cosa ed avendo chiamato invano, avesse lanciato una sedia in mezzo alla stanza per essere inteso.
Il fratello andò su e domandò di che cosa avesse bisogno, ma Padre Pio rispose: “Non ho chiamato né ho bisogno di niente”…». Lo stesso avvenne anche le sere successive. «…Bisogna premettere che, dopo la detonazione…, si trovava Padre Pio in un bagno di sudore e dovevamo cambiarlo da capo a piedi… Dinanzi a queste detonazioni – racconta padre Nazareno – i frati si erano talmente impauriti che non volevano restare mai soli ed appena dopo la ricreazione ognuno si ritirava nella stanza e si chiudeva ermeticamente». Il guardiano seppe dallo stesso Padre Pio che era il demonio il quale, dopo averlo tentato con tutte le forze, ingaggiava con lui una forte colluttazione. Padre Nazareno fece presente ogni cosa al ministro provinciale, che scongiurò Padre Pio affinché pregasse il Signore di far cessare quel fracasso serale, per la pace della comunità impaurita. Padre Pio rappresentò a Gesù il desiderio di Padre Benedetto ed ottenne l’invocato silenzio.
Sempre negli Appunti di Padre Nazareno, si legge: «Si trovò di passaggio una sera Monsignore D’Agostino, vescovo di Ariano Irpino, al quale credetti bene di raccontare quanto avveniva in convento, e lui: “Padre guardiano, il Medio Evo è finito e voi credete ancora a queste panzane?». Quando però nel refettorio si sentì, dopo un calpestio, la solita detonazione, «il domestico del Vescovo, che mangiava in foresteria, scappò al refettorio con i capelli ritti e pieno di paura. Il Vescovo rimase così impaurito che quella sera non volle dormire solo ed il giorno seguente lasciò il convento e più non ritornò»
A Foggia, Padre Pio, ogni giorno si reca a far visita alla sua figlia spirituale la cui salute peggiora sempre più velocemente fino alla sua morte all’alba del 25 marzo 1916. La sera del 24 Padre Pio andò a visitare l’ammalata con Padre Nazareno. Nel congedarsi da lei, Padre Nazareno le diede l’assoluzione in articulo mortis, poi entrambi tornarono al convento. Padre Nazareno fu svegliato alle 4 di mattina da un uomo che gli annunciò la morte di Raffaelina. Padre Nazareno andò allora a svegliare Padre Pio per dargli la notizia. Padre Pio, senza agitarsi gli rispose: “L’ho assistita io. E’ andata direttamente in Paradiso.” La stanza in cui dimorò padre Pio ospita i resti mortali di Raffaelina.
Il giovane cappuccino in questo convento è impegnato nella cura di “una turba di anime assetate di Gesù” come definì con parole sue la moltitudine di persone che gli chiesero aiuto e conforto. Lascerà a causa delle sue malattie e del caldo soffocante dell’estate foggiana il convento di Sant’Anna il 4 settembre 1916 per recarsi nel convento di san Giovanni Rotondo.
