Nel 1959 la Conferenza Episcopale Italiana annunciò un anno di preghiera in preparazione al nuovo decennio. Per segnare l’evento, la statua di Maria della “Vergine Pellegrina” come apparve a Fatima sarebbe stata prelevata da quel santuario e portata in un giro delle città italiane, grandi e piccole. Fu Padre Gabriele Amorth, sostenuto dal card. Giacomo Lercaro, ad organizzare la storica “peregrinatio“, che si concluse il 13 settembre a Catania per l’atto di consacrazione dell’Italia al cuore immacolato di Maria, durante il Congresso Eucaristico nazionale. Padre Amorth, grande estimatore di Padre Pio, rivelò nel 2007 in un articolo pubblicato sul periodico “Madre di Dio” che «essendo l’arbitro di tutto l’itinerario, fu mia cura fare in modo che la statua sostasse anche per una giornata a San Giovanni Rotondo, da Padre Pio.». (Madre di Dio, n 3 marzo 2007)
Il 25 aprile 1959, quando la statua lasciò il santuario di Fatima, Padre Pio cadde ammalato. Già da diversi mesi, era stato colpito da «un focolaio bronco-pneumonico con una pleurite siero emorragica». Così si era espresso il suo medico curante, il dottor Giuseppe Sala. Già dal 31 maggio Padre Pio dettava dal microfono un pensiero spirituale che per un collegamento di altoparlanti veniva ascoltato dai fedeli che ascoltavano in chiesa. L’atteso arrivo della Madonna venne preparato da una novena che si può dire sia stata predicata da Padre Pio dal suo letto di infermità nella cella n. 1 del convento dei cappuccini. La sera del 27 luglio, padre Pio annunciò l’inizio della novena «per la visita che la Mamma celeste vuol farci» ed esortò a prepararvisi con cristiano rinnovamento. Per tutte le sere, richiamò la gioia, la fortuna, la «grazia tutta speciale» di tale visita e l’impegno ad un’accoglienza degna, soprattutto con la pratica di alcune virtù. La sera del 4 agosto, annunciò che «dalla visita della Mamma nostra» mancavano «poche ore» e che era necessario non farsi trovare «con le mani vuote».
Il 5 agosto 1959 mentre il simulacro della Vergine faceva il suo ingresso solenne nella chiesa del convento, il Cappuccino stigmatizzato era a letto, in preghiera, impossibilitato ad alzarsi. Poco prima dell’arrivo dalla sua stanza aveva notificato a tutti: «fra pochi minuti la Mamma nostra è in casa nostra… Allarghiamo i nostri cuori». Il giorno dopo, 6 agosto, verso le tredici, poco prima che la Madonna venisse spostata in Casa Sollievo, venne accompagnato con molta cautela dai suoi confratelli nella sacrestia della chiesetta antica. La statua della Madonnina venne abbassata fino al suo viso e lui commosso e con le lacrime agli occhi la baciò affettuosamente e mise un rosario da lui benedetto nelle sue mani (nella foto); poi fece ritornò nella cella perché stanco e per il timore di qualche collasso. Finalmente, la sera del 6 agosto, dall’altoparlante i fedeli lo ascoltarono incitare al ringraziamento, ad impegno ad un «entusiasmo… permanente, come permanente è l’occhio della Mamma nostra su di noi»
Un confratello di Padre Pio, Padre Raffaele da Sant’Elia a Pianisi raccontò un episodio importante accaduto nelle ore seguenti. Dopo aver saputo che la Vergine di Fatima aveva completato il giro in tutti i reparti dell’Ospedale, Padre Pio espresse «il desiderio di volerla salutare ancora» prima della partenza. Venne accontentato. Lo trasportarono, sempre su una sedia, «nel coro della nuova chiesa, e si affacciò all’ultima finestra a destra di chi guarda la chiesa dal piazzale…l’elicottero era in volo; prima però di prendere la rotta designata, fece tre giri sul convento e chiesa per salutare Padre Pio. Egli, al vedere l’elicottero che si muoveva con su la Madonna, tutto commosso, con fede e lacrimante, disse: “Madonna mia, Mamma mia, sei entrata in Italia e mi sono ammalato; ora te ne vai e mi lasci ancora malato“. Detto questo, Padre Pio, abbassò il capo, mentre un brivido lo scosse tutto. In quel momento Padre Pio ricevette la grazia. Infatti, il giorno dopo volle celebrare in chiesa, ma quasi tutti lo sconsigliavano. La sera, provvidenzialmente, arrivò il prof. Gasbarrini, che lo visitò minuziosamente, lo trovò guarito clinicamente e disse ai frati presenti: “Padre Pio sta bene e domani può celebrare liberamente in chiesa”».
Il provinciale di Foggia, padre Amedeo da S. Giovanni Rotondo, con lettera del 10 agosto 1959 informava il generale dell’Ordine: «Padre Pio non esclude, anzi l’afferma decisamente, che il suo ristabilimento sia dovuto all’intercessione della Madonna di Fatima, il cui simulacro è stato portato a S. Giovanni Rotondo nel pomeriggio del 5 corrente mese. Afferma che, quando il simulacro stava per allontanarsi in elicottero alle 14 del giorno sei, subito dopo aver invocato e salutato la Vergine Santissima, si è sentito talmente sano e forte come mai in vita sua».