Giovanni Paolo II ha rivolto specificamente per tre volte la sua parola ai Gruppi di preghiera di Padre Pio. La prima, sabato 1° ottobre 1983, quando ricevette in udienza una delegazione di circa 20 mila aderenti, in pellegrinaggio a Roma in occasione del Giubileo straordinario della Redenzione, che esortò a «manifestare con chiarezza e con coraggio quello che sono, cioè autentici e fervorosi cristiani, nella vita, nei comportamenti, nella speranza, nella carità!».

A distanza di due anni e mezzo, il cardinale Agostino Casaroli, segretario di Stato di Papa Wojtyla, ufficializzò il ruolo dei sodalizi oranti, nati a San Giovanni Rotondo e ormai sparsi in tutto il mondo, approvando il loro statuto. 

Il Pontefice si rivolse nuovamente ai Gruppi, sempre a Roma, nel 1988 (durante il pellegrinaggio di ringraziamento delle diocesi della provincia di Foggia, per la visita pastorale dell’anno precedente) e nel 1990 (in occasione del quarantesimo anniversario della loro fondazione). In quest’ultima circostanza Giovanni Paolo II invitò gli aderenti a seguire «l’esempio di Padre Pio» e, in particolare, a imitare «la sua costante ricerca di intimità con il Signore, poiché questo è l’unico segreto della vita spirituale».

A loro, infine, Papa Wojtyla fece un rapido accenno anche durante l’omelia della Messa per la beatificazione di Padre Pio, per poi parlarne in maniera più ampia nella Celebrazione Eucaristica di canonizzazione:

«La ragione ultima dellefficacia apostolica di Padre Pio, la radice profonda di tanta fecondità spirituale si trova in quella intima e costante unione con Dio di cui erano eloquenti testimonianze le lunghe ore trascorse in preghiera. Amava ripetere: Sono un povero frate che prega, convinto che la preghiera è la migliore arma che abbiamo, una chiave che apre il Cuore di Dio. Questa fondamentale caratteristica della sua spiritualità continua nei Gruppi di Preghiera da lui fondati, che offrono alla Chiesa e alla società il formidabile contributo di una orazione incessante e fiduciosa».